El Colegio Nacional de Especialistas en Medicina Integrada (CONAEMI) como cuerpo colegiado representa, defiende y promueve la práctica profesional de sus egresados. La certificación fue avalada por el Comité Normativo Nacional de Consejos de Especialidades Médicas (CONACEM) a partir del año 2016; actualmente, el proceso de certificación de los especialistas en Medicina Integrada se lleva a cabo con el respaldo del Consejo Mexicano de Certificación en Medicina Familiar, en coordinación con el Colegio Nacional de Especialistas en Medicina Integrada. Este proceso incluye un examen de conocimientos estructurado a través de casos clínicos integradores de alta complejidad, donde se evalúan la capacidad resolutiva, el juicio clínico y la integración de saberes.